个人以从业提出申请的，是必须由用人单位提交电子数据后才能办理《深圳市临时居住证》。因为这涉及到用人单位凭营业执照、组织机构代码证书、工商注册号等等信息，只有这些信息才能证明这是个正规公司以及你在这个单位工作等情况，以便今后的监督和跟踪服务(包括社保购买等情况的监督)。

　　如果你在深圳市内拥有所居住房屋的产权，也可以以此提出申请的;或者你符合深圳市有关办理人才居住证、海外人才居住证条件;再或者在深圳市创业并具备相应的技术或者资金条件或者在深圳市从事文化艺术创作

　　如果这些都不行，只能通过就业方式提出申请的话，那就与公司协商一下，再不行直接投诉它，不过估计你会顾忌以后是否还能舒服的在那里工作了。呵呵。好好考虑一下了。