公司的商业秘密要求员工签订保密合同，这是合理的。《中华人民共和国劳动法》第二十二条规定：“劳动合同当事人可以在劳动合同中约定保守用人单位商业秘密的有关事项。”企业为了保护其正当的经济利益，要求员工保护商业秘密，应受法律保护。至于保密费是否可以工资中，根据国家统计局《关于工资总额组成的规定》第四条规定：“工资总额由下列六个部分组成：（一）计时工资；（二）计件工资；（三）奖金；（四）津贴和补贴；（五）加班加点工资；（六）特殊情况下支付的工资。”同时第十条规定：“特殊情况下支付的工资。包括：（一）根据国家法律、法规和政策规定，因病、工伤、产假、计划生育假、婚丧假、事假、探亲假、定期休假、停工学习、执行国家或社会义务等原因按计时工资标准或计时工资标准的一定比例支付的工资；（二）附加工资、保留工资。”因此保密费不属于工资的组成部分。但是签订协议是双方真实意图的表示，你签字了就代表你认可这种方式，不过实务中格式合同工出现争议对劳动者是有偏向的，日后离职可以和公司理论。