博士研究生
博士研究生微软学者奖首届(1999年)周志华第二届(2000年)杨凡第三届(2001年)苏丰第四届(2002年)姜远第五届(2003年)裴玉第六届(2004年)张敏灵第七届(2005年)黎铭第九届(2007年)刘胥影俞扬第十一届(2009年)
博士研究生
微软学者奖首届(1999年)周志华
第二届(2000年)杨凡
第三届(2001年)苏丰
第四届(2002年)姜远
第五届(2003年)裴玉
第六届(2004年)张敏灵
第七届(2005年)黎铭
第九届(2007年)刘胥影俞扬
第十一届(2009年)李宇峰王巍
全国优秀博士论文周志华2003
宋继强2004
中国计算机学会优秀博士论文（2006年首届）黎铭2009
张敏灵2008
江苏省优秀博士论文张敏灵2009
谭晓阳2007
马晓星2005
南京大学优秀博士学位论文刘明2008
谭晓阳2007
路通2006
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