本人16届应届毕业生就业公司在深圳，因为不想转户口（深圳要求档案户口在一起）所以目前档案存放在广州高校就业指导中心，那深圳的公司帮我缴纳社保后我还能计算工龄吗？（因为听说放就业指导中心会把我当作学生身份，要挂靠人才中心才能算工龄和评定职称）

各地政策可能不一样，就我所知，社保这一块计算的主要依据应该是缴费记录。

工龄怎么算，是按档案记录材料算还是按社保缴纳时间算？

可以的，毕业生通常依据就业报到证（2000年前叫派遣证）来确定工龄计算的起点。是否缴纳社保只是其中一个点。